Sebagai lembaga pendidikan Islam masa depan, Al-Zahrah meletakkan fondasi tempat berpijak serta langkah-langkah praktis, akurat dan berkualitas yang memungkinkan dapat terwujud sesuai tuntutan zaman (Shalih li kulli hal, zaman wa makan) berkemampuan untuk menyesuaikan program pendidikan dalam segala hal, waktu dan tempat. Prinsip inilah kemudian melahirkan visi dan misi Al-Zahrah.
VISI.
Menjadikan Pesantren Modern Al Zahrah sebagai pusat pendidikan islam yang melahirkan generasi muslim, mukmin yang saleh, konsisten berjiwa pejuang dalam usaha membuktikan ajaran islam, mampu menegakkan amar makruf dan nahi mungkar, menuju hipup bahagia dunia dan akhirat.
MISI.
- Mendidik santri dengan bekal ajaran agama islam yang meliputi akidah, syariat dan akhlak mulia sebagai syarat mutlak menuju umat terbaik (khair al – ummah).
- Mendidik santri dengan ilmu yang komprehensif tentang ilmu keislaman, ilmu bahasa, ilmu pengetahuan alam dan matematika serta ilmu pengetahuan sosial yang bermanfaat untuk meraih sukses masa depan, sehingga mereka menjadi ahli zikir dan ahli fikir dalam masalah agama, maupun menegakkan dakwah islam melalui amar makruf dan nahi mungkar.
- Mendidik dan menyiapkan santri untuk berkompetensi masuk kependidikan tinggi baik dalam negeri maupun luar negeri (timur tengah) dalam berbagai disiplin ilmu, untuk menjadi pemimpin dimasa depan.
Dengan demikian, visi dan misi ini, lahirlah tujuan utama Pesantren Al-Zahrah, yaitu: membentuk dan menyiapkan generasi muda Islam melalui pendidikan dalam upaya melahirkan calon pemimpin umat yang berdimensi iman, akhlak mulia, ilmu pengetahuan yang luas, amal saleh dan amanah, yang diridhai Allah SWT.